Здравствуйте.
По умолчанию, переменная FOREIGN_KEY_CHECKS имеет локальную область видимости. В этом случае отключение проверки внешних ключей действует в пределах одной сессии до момента, пока вы обратно не включите проверку или не закроете сессию (закроете соединение с сервером).
Если вы хотите, чтобы закрытие соединения не меняло значение переменной FOREIGN_KEY_CHECKS, вы можете менять её с помощью SQL инструкции
Но имейте ввиду, что в этом случае изменение этой переменной повлияет на все существующие подключения, а не только на ваше.
Более подробную информацию об особенностях использования FOREIGN_KEY_CHECKS и глобальной области видимости серверных переменных вы можете прочесть в MySQL Reference Manual.